גיבוש הצוללות מתחיל בהגעה ליום מיון ליחידת הצוללות, מעבר של מבדקים פסיכוטכניים ופסיכולוגיים בביתן חיל הים שבבסיס תל השומר. לאחר מכן, מתקיים גיבוש צוללות, גיבוש בן 4 ימים, שכולל תכנים פיזיים, ובדיקת האינטליגנציה של החייל.
מבחינה פיזית
הגיבוש ברמה בינונית אך גם הוא כולל תרגילי תיזוזים כגון: ספרינטים אלונקות וכו'.
בנוסף לכך, במהלך הגיבוש המעברים בין נושא לנושא מתבצעים באופן חד ומהיר כדי להקשות על רמת הריכוז של המתמיינים.
דרך נוספת להגעה ליחידה, היא סיום יום סיירות תוך הפגנת נתונים גבוהים וקבלת התרשמות טובה ממעבירי הגיבוש, כדי שיישלחו את עובר הגיבוש לראיון בשייטת הצוללות.
מחיילי הצוללות נדרש פרופיל קרבי (72 ומעלה) ללא סעיפים פוסלים. אין בעיה להתקבל עם משקפיים ליחידה, מסיבות מובנות, בעלי קלסטרופוביה (פחד ממקומות סגורים) נפסלים חיילי הצוללות נחשבים לבין החכמים והאינטליגנטיים ביותר בצה"ל. נדרש מהם ללמוד הרבה מאוד חומר, חלקו באנגלית, להבין מערכות סבוכות, חוקי פיזיקה, ועוד. למתמיין ליחידת הצוללות דרוש קב''א של 52 ומעלה.
שירות ביחידת הצוללות דורשת עמידות גבוה מפני מקומות סגורים ואופי חברותי טוב, מאחר שבזמן פעילות מבצעית לוחמי הצוללות נמצאים זמן רב מתחת לפניי המים עם הצוות בלבד וולא אפשרות לתקשר עם האולם החיצון.
בקבוצות - ''המסלול הדרך שלך לשירות משמעותי'' מתבצעים ימי הכנה וסימולציות אשר מכינים את המתאמן בצורה המקצועית והספציפית ביותר לכל סוגי הגיבושים הימיים.